Antesque este templo hubo otro en el mismo lugar, prerrománico, erigido por Alfonso V "El Noble" en la primera mitad del siglo X en honor a san Juan Bautista y a san Pelayo. Desde el inicio fue Panteón Real. Como tantos otros templos de la cristiandad fue arrasado por Almanzor en 988 y reconstruido en 1063 por Fernando I "El Magno" (1037-1065. kJ3Mc.